ในการเลือกท่อส่งความร้อนตัวกลาง ซึ่งเราเรียกว่าน้ำ ควรใช้น้ำบริสุทธิ์ดีที่สุดถ้าเป็นไปได้ เนื่องจากในน้ำบริสุทธิ์ไม่มีแร่ธาตุ เช่น แคลเซียมและแมกนีเซียมไอออน จึงไม่เกิดตะกรันหรืออุดตันท่อ นอกจากนี้จะไม่มีการผลิตเชื้อรา หากมีเชื้อราในน้ำ สารเหนียวบางชนิดจะงอกในท่อเป็นเวลานาน ซึ่งจะส่งผลต่ออัตราการไหลของน้ำ หากไม่สามารถใช้น้ำบริสุทธิ์ได้ ขอแนะนำให้เติมผลึกซิลิกอนฟอสฟอรัสเมื่อระบบเติมน้ำในครั้งแรกหลังจากล้างท่อ เมื่อฉีดน้ำ ให้น้ำไหลผ่านถังคริสตัลซิลิกอน-ฟอสฟอรัสคริสตัล ซึ่งยังสามารถมีบทบาทในการขจัดตะกรัน ป้องกันการขูดหินปูนและฆ่าเชื้อในท่อ และทำให้ท่อมีความทนทาน และผลกระทบจะไม่มาก ลดลงตามกาลเวลา ในหลายพื้นที่ในภาคเหนือ ทุกคนใช้น้ำประปาธรรมดาในการเติมน้ำ คุณภาพน้ำค่อนข้างแข็ง และมีแร่ธาตุอยู่มากมาย หลังจากอยู่ในท่อเป็นเวลานาน จะเป็นเรื่องง่ายที่จะปรับขนาดและสร้างน้ำและด่าง และจะมีสิ่งที่ยุ่งเหยิงมากมายในท่อ เป็นเพราะเหตุนี้เองที่อุตสาหกรรมใหม่ได้เกิดขึ้น ซึ่งเชี่ยวชาญในการทำความสะอาดท่อทำความร้อนใต้พื้น นอกจากนี้ หลังจากโครงการทำความร้อนใต้พื้นเสร็จสิ้น จะมีวัสดุปิดผนึกจำนวนมาก เช่น ป่านและเทปวัตถุดิบ PTFE ในท่อหลัก วัสดุเหล่านี้จะหลุดออกระหว่างการใช้งาน เช่น เมื่อขันขั้วต่อเกลียว ในท่อ. ตัวแทนจำหน่ายที่มีประสบการณ์จะติดตั้งกระชอน Y-ที่ท่อร่วมระบบทำความร้อนใต้พื้น เมื่อโครงการทำความร้อนใต้พื้นเสร็จสิ้น ท่อควรถูกล้างด้วยแรงดันสูง เศษขยะเหล่านี้สามารถล้างออกได้ และหลายสิ่งหลายอย่างสามารถถูกชะล้างออกไปได้ แนะนำให้ทำความสะอาดแผ่นกรองหนึ่งครั้งหลังจากล้าง เพื่อให้แน่ใจว่าไม่มีการอุดตันในท่อหลักและจะไม่ส่งผลต่อความร้อน
